Název této veliké části střední Evropy vyjadřuje , že jde o území, v jehož vývoji sehrálo hlavní roli hercynské vrásnění. Je pokračováním oblasti atlantské Francie směrem k východu.
Jezer je z celé oblasti hercynské střední Evropy nejvíce na území posledního baltského zalednění, kde zaujímají celkově 2-5 % plochy. Jsou to jezera ledovcového původu, vzniklá v postglaciální době vyplněním prohlubní v morénové krajině, údolních rýh podledovcových toků např. Rinnenseen, nebo ve sníženinách vzniklých po roztání čoček mrtvého ledu např. Sölle.
Největší z nich je jezero Müritz (115km2 )v Meklenburské jezerní plošině, dále jezero Lebsko (115 km2 ) v polském Pomoří, zatímco největší Mazurská jezera Sniardwy (114 km2 ) leží již mimo hranice této oblasti.
Vzácnější jsou jezera na území staršího zalednění jako je Steinhuder Meer
(32 km2 , jen 2,6 m hluboké) u Hannoveru.
Ve Středoevropských vysočinách jen některá nejvyšší pohoří přesahovala výšku pleistocenní sněžné čáry a mají malá jezírka karová či morénová.Spíše výjimkou jsou ve středohorách malá jezírka vzniklá posuvy, krasovými nebo vulkanickými procesy. Z těch posledních jsou pozoruhodné maary v Eifelu. Největší je Laacher See.